电源问题
1.VDDCORE和VDDIO引脚电源
A)VDDCORE和VDDIO引脚电源必须连接到使用退耦电容的干净的直流电源上；退耦电容应尽可能的接近微控制器的VDD和GND引脚；退耦电容典型值是33nF到100nF。
B)除保证复位的延时时间大于两个电源的上升时间外，对电源的时序上没有特殊的要求。
C)值得注意的是在VDDCORE一直给微控制器供电保存内部RAM和寄存器内容时VDDIO供电不能停止，如果这样的话他不是破坏性的，带能导致内部外围设备的输入进入一个不确定的状态。此外，除电流连续状态下的阻性负载外，VDDIO的电流消耗依赖于连接到EBI的I/O线和PIO线切换时的负载电容。这就是说，当CPU处于备用状态时不需要停止VDDIO.
2.VPP引脚
VPP用来提高FLASH的编程和擦除速度。电压范围参见数据手册。VPP引脚可以不连接，为防止意外，可以考虑施加一个已知的电平以防止步必要的动作。
主时钟引脚
1.MCKI引脚
MCKI引脚是微控制器的主时钟输入引脚。此引脚输入一个方波时钟信号。外部时钟的高半周期（tCH)和低半周期(tCL)有一个最小值，见数据手册。AT91X40X系列没有内部振荡器，仅仅连接一个晶振是不可以的。
2.MCKO引脚
MCKO引脚提供一个延时的MCKI引脚的时钟输入信号的镜像以提供系统内的其他设备使用。MCKO驱动能力低，用它来驱动几个TTL负载是不可行的。当使用BGA封装的AT91X40X系列微控制器时，如果这个引脚不使用，强烈建议你将它作为PCB上的测试点。这样用来快速判断微控制器是否有一个正确的时钟。