Protel 99 SE 所提供的工作层大致可以分为7 类:Signal Layers (信号层)、InternalPlanes(内部电源/接地层)、Mechanical Layers(机械层)、Masks(阻焊层)、Silkscreen(丝印层)、 Others(其他工作层面)及System(系统工作层)，在PCB 设计时执 行菜单命令[Design]设计/[Options...]选项可以设置各工作 层的可见性。
1.Signal Layers(信号层)
Protel 99 SE 提供有32 个信号层，包括[TopLayer](顶层)、 [BottomLayer](底层)、[MidLayer1](中间层1)、[MidLayer2] (中间层2)……[Mid Layer30](中间层30)。信号层主要用于放置元件(顶层和底层)和走线。信号层是正性的，即在这些工作层面上放置的走线或其他对象是覆铜的区域。
2.InternalPlanes(内部电源/接地层)
Protel 99 SE 提供有16个内部电源/接地层(简称内电层): [InternalPlane1]—[InternalPlane16]，这几个工作层面专用于布置电源线和地线。放置在这些层面上的走线或其他对象是无铜的区域，也即这些工作层是负性的。
每个内部电源/接地层都可以赋予一个电气网络名称，印制电路 板编辑器会自动地将这个层面和其他具有相同网络名称(即电气 连接关系)的焊盘，以预拉线的形式连接起来。在Protel 99 SE 中。还允许将内部电源/接地层切分成多个子层，即每个内部电 源/接地层可以有两个或两个以上的电源，如+5V 和+l5V 等等。
3.Mechanical Layers(机械层)
Protel 99 SE 中可以有16 个机械层:[Mechanical1]— [Mechanical16]，机械层一般用于放置有关制板和装配方法的指示性信息，如电路板物理尺寸线、尺寸标记、数据资料、过孔信息、装配说明等信息。
4.Masks(阻焊层、锡膏防护层)
在Protel 99 SE 中，有2 个阻焊层:[Top Solder](顶层阻焊层)和 (Bottom Solder](底层阻焊层)。阻焊层是负性的，在该层上放置的焊盘或其他对象是无铜的区域。
通常为了满足制造公差的要求，生产厂家常常会要求指定一个阻 焊层扩展规则，以放大阻焊层。对于不同焊盘的不同要求，在阻焊层中可以设定多重规则。
Protel 99 SE 还提供了2 个锡膏防护层，分别是[Top Paste](顶 层锡膏防护层)和(Bottom Paste](底层锡膏防护层)。锡膏防护层与阻焊层作用相似，但是当使用"hot re-follow"(热对流)技 术来安装SMD元件时，锡膏防护层则主要用于建立阻焊层的丝 印。该层也是负性的。
与阻焊层类似，我们也可以通过指定一个扩展规则，来放大或缩 小锡膏防护层。对于不同焊盘的不同要求，也可以在锡膏防护层 中设定多重规则。
5.Silkscreen(丝印层)
Protel 99 SE 提供有2 个丝印层，[Top Overlay](顶层丝印层) 和[Bottom Overlay](底层丝印层)。丝印层主要用于绘制元件的外形轮廓、放置元件的编号或其他文本信息。在印制电路板上，放置PCB库元件时，该元件的编号和轮廓线将自动地放置在 丝印层上。
6.Others(其他工作层面) 在Protel 99 SE 中，除了上述的工作层面外，还有以下的工作 层：
[KeepOutLayer](禁止布线层)
禁止布线层用于定义元件放置的区域。通常，我们在禁止布线层 上放置线段(Track)或弧线(Arc)来构成一个闭合区域，在这个闭 合区域内才允许进行元件的自动布局和自动布线。 注意：如果要对部分电路或全部电路进行自动布局或自动布线， 那么则需要在禁止布线层上至少定义一个禁止布线区域。
[Multi layer](多层)
该层代表所有的信号层，在它上面放置的元件会自动地放到所有 的信号层上，所以我们可以通过[MultiLayer]，将焊盘或穿透式过孔快速地放置到所有的信号层上。
[Drill guide](钻孔说明)
[Drill drawing](钻孔视图)
Protel 99 SE 提供有2 个钻孔位置层，分别是[Drill guide](钻 孔说明)和[Drill drawing](钻孔视图)，这两层主要用于绘制钻孔图和钻孔的位置。
[Drill Guide]主要是为了与手工钻孔以及老的电路板制作工艺保持兼容，而对于现代的制作工艺而言，更多的是采用[Drill Drawing] 来提供钻孔参考文件。
我们一般在[Drill Drawing]工作层中放置钻孔的指定信息。在 打印输出生成钻孔文件时，将包含这些钻孔信息，并且会产生钻孔位置的代码图。它通常用于产生一个如何进行电路板加工的制图。
这里提醒大家注意:
(1)无论是否将[Drill Drawing]工作层设置为可见状态，在输出时自动生成的钻孔信息在PCB 文档中都是可见的。
(2)[Drill Drawing]层中包含有一个特殊的".LEGEND"字符串， 在打印输出的时候，该字符串的位置将决定钻孔制图信息生成的地方。
7、System（系统工作层）
[DRC Errors](DRC 错误层) 用于显示违反设计规则检查的信息。该层处于关闭状态时，DRC 错误在工作区图面上不会显示出来，但在线式的设计规则检查功 能仍然会起作用。
[Connections](连接层) 该层用于显示元件、焊盘和过孔等对象之间的电气连线，比如半 拉线(Broken Net Marker)或预拉线(Ratsnest)，但是导线 (Track)不包含在其内。当该层处于关闭状态时，这些连线不会显示出来，但是程序仍然会分析其内部的连接关系。
[Pad Holes](焊盘内孔层) 该层打开时，图面上将显示出焊盘的内孔。
[Via Holes](过孔内孔层) 该层打开时，图面上将显示出过孔的内孔。
[Visible Grid 1](可见栅格1)
[Visible Grid 2](可见栅格2)
这两项用于显示栅格线，它们对应的栅格间距可以通过如下方法 进行设置:执行菜单命令[Design]/[Options...]，在弹出的对话框中可以在[Visible 1]和[Visiblc 2]项中进行可见栅格间距的设置。