开发工具是Windows CE 的一个重要部分，实际上也是这个系统得以在商业上成功的重要因素，主要是因为它的易用性及强大而完善的功能。其它一些系统，例如：eCos 也提供了类似Platform Builder 开发工具，但是显然这个工具不够成熟、不太好用，并且在建构系统时会有较多的问题。
1. Platform Builder
Platform Builder 用于建构使用Windows CE 操作系统的嵌入式平台，用某一个特定硬件平台的Windows CE 操作系统和基本应用环境来辅助开发。从工具的角度来看，这是一个整合的开发环境，包括了基本的本文编辑功能、多目标编译侦错工具、特征编辑器、SDK 汇出工具 (透过它可以为当前平台建构一个在Embedded Visual C++中安装的SDK)、指导手册工具以及用于测试、性能分析等工作的多个工具。
2. Windows CE Application Frameworks
工具的核心是Embedded Visual C++，这个工具具有和Visual C++ 6 相同的基本特性，包括对MFC、ATL 以及COM/DCOM 的支持、应用程序指导手册、编译侦错等多种功能。因为这种相似性使得传统的VC 程序设计师可以很容易的转移到嵌入式领域作应用软件的开发。此外在早期版本中还包括Embedded Visual Basic，这是VB 的一个嵌入式精简版本，更新的版本目前还没有加进Windows CE Application Frameworks。.NET 类型的应用则不使用它们。MFC、ATL、以及RTC 也包括在这个工具体系中。
3. Emulator
Emulator 是Windows 系统上的一个应用程序，它可以执行经过特定编译处理 (Emulator 本身也可以视为一个独立的平台) 的Windows CE 系统。Emulator提供了相当多的硬件特征仿真，例如显示、声音、USB 接口、网络等。它和PlatformBuilder 以及Embedded Visual C++均可整合在一起，透过KITL 可与适配卡相连，充当目标平台。如此一来，开发者可以脱离实际硬件开发、侦错、测试在WindowsCE 上执行的应用程序，当硬件平台和基本操作系统环境建构完成后，这个应用程序几乎不用修改就可以正确的执行。这个特性使得底层开发和应用程序开发可以并行工作，大大的缩短了开发周期。目前，Emulator 只支持Intel x86 系统架构下的仿真。